(1)基于小型机和微机的启蒙阶段（20世纪70年代末-90年代）。改革开放是我国医疗信息化发展的源头，20世纪70年代末，由于改革开放，较多小型机进入中国，并被部分医院陆续引进。进入80年代后，价廉易用的微机大量进入中国，中国也开始研发国产微机，部分医院陆续引进微机。

(2)以财务管理为核心的全院管理信息系统阶段（20世纪90年代中期-2000年）。1992年，卫生部医院管理研究所组织全国多家医院的IT技术精英进行系统研发。20世纪90年代中期，国家八五重点科技攻关项目“医院综合信息系统研究”和“军字一号工程”实施成功。在卫生部的大力推动下，中国医疗信息化迎来第一次发展热潮。随着对医院信息化要求越来越高，系统越来越复杂，医院自我开发难度逐渐提高。在市场机制引导下，多家HIT企业创建，由医院提需求、IT厂商负责开发、实施的商业运作模式开始出现并成为主流。此阶段中，医院管理信息系统（HIS）以财务管理为核心。

(3)临床信息系统与区域医疗协同探索阶段（2000年-2008年）。2002年，卫生部陆续颁布《全国卫生信息化发展规划纲要2003—2010年》、《国家公共卫生信息系统建设方案》（草案），将信息化纳入卫生事业发展总体规划。此阶段建设重心向临床转变。临床信息系统以医生工作站为中心，包括实验室信息系统（LIS）、医学图像处理/影像归档和通信系统（PACS）和合理用药监控等系统；各地陆续实施医疗保险、新农合，所有医院与医保、新农合系统逐步建立接口。

(4)基于电子病历（EMR）的医院信息平台阶段（2009年至今）。2009年3月国务院颁布《关于深化医药卫生体制改革的意见》，开始推进新医改。2011年，卫生部制定《2011—2015年卫生信息化发展规划》、《电子病历基本规范与功能规范》、《电子病历基本架构与数据标准》、《电子病历系统功能应用水平分级评价方法及标准》、《基于电子病历的医院信息平台建设技术解决方案》。2009-2013年，新医改掀起了中国第二个医疗信息化发展热潮。2013年，国家全面推进人口健康信息化建设。核心内容概括为“46312”，即建设国家级、省级和地市、区县级四级卫生信息平台；公共卫生、医疗服务、计划生育、医疗保障、药品管理、综合管理六项业务系统；电子健康档案、EMR和全员人口个案数据三个基础数据库；一个人口健康统一网络；信息安全和信息标准2个体系；要求医院以EMR为核心，与人口健康信息平台互联，实现院内院外信息共享。

(5)数据整合阶段（2015年至今）。2015年3月6日国务院办公厅发布《全国医疗卫生服务体系规划纲要（2015—2020年）》，计划到2020年，实现全员人口信息、电子健康档案和电子病历三大数据库基本覆盖全国人口，并实现信息动态更新。全面建成互联互通的国家、省、市、县四级人口健康信息平台，实现公共卫生、计划生育、医疗服务、医疗保障、药品供应、综合管理等六大业务应用系统的互联互通和业务协同。积极推动移动互联网、远程医疗服务等发展。普及应用居民健康卡，积极推进居民健康卡与社会保障卡、金融IC卡、市民服务卡等公共服务卡的应用集成，实现就医“一卡通”。依托国家电子政务网，构建与互联网安全隔离、联通各级平台和各级各类卫生计生机构、高效、安全、稳定的信息网络。建立完善人口健康信息化标准规范体系。加强信息安全防护体系建设。实现各级医疗服务、医疗保障与公共卫生服务的信息共享与业务协同。

2018年，卫健委发布《全国医院信息化建设标准与规范（试行）》，清晰、明确地为国内医院信息化建树指明了方向。随后，针对电子病历、互联网医疗、分级诊疗、互联互通等，卫健委陆续发布相关政策，2018年国内涌现了第三个医疗信息化发展热潮。