从上世纪90年代开始算起到现在，大体可以分为三个阶段：

第一个阶段主要是医院以收费为核心的HIS系统的建设，基础信息化建设阶段，主要涵盖挂号、医嘱开立、病历书写、检查检验等聚焦医院内部管理。这个阶段的里程碑可以重点从97-98年，北京众邦慧智公司研发的中国医院信息系统，解放军总后勤部统筹指挥、以301医院（解放军总院）为主研发的军字一号医院信息系统开始了解。

第二个阶段开始需求逐渐向院内移动临床信息化CIS延伸，涌现出院内移动护理查房、医院精细化运营管理、合理用药、临床路径、结构化电子病历等一系列应用和厂商。这个阶段主要09年新医改前后（2009年3月17日中共中央、国务院向社会公布的关于深化医药卫生体制改革的意见），首次将医疗信息化并入新医改的“四梁八柱”。也是在09年这一年，《健康档案基本架构与数据标准（试行）》和《电子病历基本架构与数据标准（征求意见稿）》等标准相继出台，用友东软等公司逐渐进场，开始医疗行业的固身+掘金之旅。

第三阶段是区域医疗信息化GMIS的发展和互联互通。2013年11月，国家卫生计生委、国家中医药管理局以国卫规划发〔2013〕32号印发《关于加强推进人口健康信息化建设的指导意见》，14年国家卫计委统计信息中心主任孟群在卫生信息技术交流大会发言中介绍了国家卫生、计生资源整合顶层设计规划——“4631-2工程”，从国家层面明确了区域信息化的顶层设计。与此同时，云大物移、人工智能及区块链技术的如火如荼之势，医疗信息化呈空前的快速发展之势。