1982年3月，云南省烟草公司正式成立，直属云南省人民政府领导。1983年11月，根据国务院发布的《烟草专卖条例》，成立了云南省烟草专卖局。云南省烟草公司和云南省烟草专卖局合署办公，实行“一套机构、两块牌子”，负责全省烟草专营专卖管理工作。1985年1月，云南省烟草公司上划中国烟草总公司，实行中国烟草总公司和云南省政府双重领导，以中国烟草总公司管理为主的管理体制。根据烟草行业体制改革要求，2004年1月，云南烟草管理体制实行工商分设，原云南省烟草专卖局（公司）分设为云南省烟草专卖局（公司）和云南中烟工业公司。云南省烟草专卖局与云南省烟草公司继续实行“一套机构、两块牌子”的体制，负责全省烟草专卖监督管理、烟叶生产和省内卷烟销售工作。2006年底，全面完成“理顺资产财务管理体制，建立母子公司体制”改革，云南烟草商业形成了总公司、省公司与州（市）级公司三级母子公司管理体制，延续至今。目前，云南省烟草专卖局（公司）下辖16个州（市）局（公司）、8个直属单位、129个县（区）局（分公司）。

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