南宁市气象局成立于1993年8月，1993年8月到2003年6月期间与广西壮族自治区气象台合署办公，实行两块牌子，一套人马的运行方式，是受自治区气象局和南宁市人民政府双重领导的科技型、基础性公益事业单位，是南宁市气象行政主管机构，2003年7月，为适应地方行政区划调整，为地方经济建设服务和社会发展服务，经中国气象局和南宁市人民政府批准，成立新的南宁市气象局。负责在本行政区域内组织重大灾害性天气跨区域、跨部门的联合监测、预报工作，制定人工影响天气作业方案，为本级人民政府组织防御气象灾害提供决策依据；管理本行政区域内公众气象预报、灾害性天气警报以及农业气象预报、城市环境气象预报、火险气象等级预报等专业气象预报的发布。

全局现有在职人员125人，其中博士1人，硕士研究生4人，在职硕士研究生16人，本科以上学历占65%，大专以上学历占79.2%，正研级高级工程师1人，高级工程师11人，中级职称以上占45.2%。2020年11月，被评为第六届全国文明单位。2021年1月，中国气象局创建模范机关先进单位。

2021年，南宁气象局签约蓝凌，携手蓝凌打造数字化管理平台，统一人事、考试、内部协作等管理，赋能“数字化气象”改革。